خشک شدن کامل رودخانه قیزیل اوزن مشکلات فراوانی را در منطقه آذربایجان ایجاد کرده است که برای نمونه می‌توان به عدم تامین آب کافی برای مساحت عظیمی از شالیزارهای حاشیه رودخانه و مراکز پرورش ماهی اشاره کرد. ؛